5운 6기(五運六氣)를 일명 운기(運氣)라고 한다. 운기에 대한 이론은 옛사람들이 기후와 절기의 변화를 분석하고 추리해서 기후변동을 판단하는 하나의 방법을 도식적으로 설명한 것이다.

이 이론은 음양5행설(陰陽五行說)과 결부되어 동의학의 기초이론에 응용되었다.

운기론은 5운과 6기에 간지(干支)를 결합시켜 여러 가지 이론을 만들었다.
5운에는 토운, 금운, 수운, 목운, 화운이 속하는데 5행과 천간 즉 갑, 을, 병, 정, 무, 기, 경, 신, 임, 계 등 10간을 배합하여 해당 연도의 세운을 계산하였으며 연간 기후의 정상과 이상변화를 설명하였다. 그리고 또 5운을 대운, 주운, 객운 등 3가지로 나누고 천간을 음과 양으로 갈라서 양간은 대과가 되고 음간은 불급이 된다고 하였다.

6기란 풍, 열, 화, 습, 토, 한 등 6가지를 말한 것인데 6기를 3음3양으로 하고 여기에 지지 즉 자, 축, 인, 묘, 진, 사, 오, 미, 신, 유, 술, 해 등 12지를 결합시켜 연간 기후의 정상과 이상변화관계를 설명하였다. 그리고 또 6기를 주기와 객기로 나눈 다음 주기는 시기를 주관하는 것으로 보았으며 이것을 6보로 나누고 여기에 24절기를 나누어 소속시켰다.
상반년의 기후를 통설하는 객기를 사천(司天)이라고 하고 하반년도 기수를 통설하는 계기를 재천(在泉)이라고 하였다.
여기에 씌어 있는 5운6기에 대한 내용에는 천기가 도는 데 대한 것, 남극과 북극에 대한 것, 황도(黃道)와 적도(赤道)에 대한 것, 하늘과 땅의 생김새와 그들 사이의 거리 등 고대천문학의 복잡한 이론들도 들어 있다. 또한 자연의 운기변화가 주기적으로 반복되는데 따라 돌림병을 비롯하여 여러 가지 병이 생긴다는 것과 운기론에 맞추어 그 병의 경과와 예후까지 미리 결정하였을 뿐만 아니라 어느 날 어느 시간에 병이 생기면 언제 낫거나 죽는다는 것, 해당지대와 동쪽, 남쪽 등 방위에 따라 병이 달리 생기고 사람들이 오래 살거나 일찍 죽는다는 것 등 운기론에 도식적으로 맞추어 설명한 내용들이 들어 있다.

자연의 기후변화에 따라 인체에 영향을 주어 병의 발생과 경과에도 긍정적인 작용과 부정적인 작용을 하는 것만은 사실이다